Git: Your local changes to 'xxx' would be overwritten by merge.

標題のエラーでかなりはまりました。

ぐぐるとstashやらfetchやらでなんとかなるよ、gitignoreが問題だよというのがあったんですが、どうにも上手く行かず、力技で解決しました。

mv hoge.git hoge.git.org
mkdir hoge.git
cd hoge.git
git init --bare --shared

remoteのリポジトリの名前を変更して新たにremoteリポジトリを作成するということです。

これでlocalでpushをしたら標題のエラーが発生しなくなりました。

入門git